热带作物学报

作者：霍恺森,曹清河,王珧,陈艳丽,朱国鹏

单位：1. 海南大学园艺学院,海南海口 570228,2. 江苏俆淮地区徐州农业科学研究所,江苏徐州 221131

关键词：甘薯,基因组调查,Ipomoea littoralis,种质资源

基金：国家甘薯产业技术体系资源评价岗项目(CARS-10-B1-2017),国家自然科学基金项目(31461143017),海南省重点研发计划项目(ZDYF2019030)

Ipomoea littoralis是甘薯的近缘野生种之一,对其全基因组的研究可为甘薯种质资源的创新提供参考,同时为全基因组精细图谱的绘制打下基础。本研究通过二代高通量测序技术（Illumina Hiseq 2500）,测序深度约为60×,经过滤后得到22.45 G数据,结合生物信息学手段估算基因组大小、杂合率、重复序列和GC含量等基因组特征。预估基因组大小经修正后为676.27 Mb。K-mer分析结果得出I. littoralis基因组中重复序列所占比率为60.98%,杂合率为0.81%;初步组装结果,contigs N50为0.684 kb,总读长为0.538 Gb,scaffolds N50为12.09 kb,总读长为0.602 Gb;GC平均深度及含量分布出现分层现象。本研究首次报道I. littoralis的基因组特征信息,为进一步全基因组深度测序提供参考。

来源：2019年第10期

《热带作物学报》期刊编辑部

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