热带作物学报

作者：刘华伟, 李朝绪, 李芬, 吕朝军, 吴少英, 覃伟权

单位：1.中国热带农业科学院椰子研究所,海南文昌 571399,2.海南大学,海南海口 570228,3.海南省院士团队创新中心（槟榔黄化病综合治理）,海南文昌 571339,4.海南省热带油料作物生物学重点实验室,海南文昌 571399

关键词：椰心叶甲啮小蜂,转录组,SSR,SNP,InDel

基金：海南省重大科技计划项目(ZDKJ201817),热带木本油料产业技术创新团队-热带木本油料主要病虫害防控技术研究(1630152017010),农业农村部海南省入侵生物监测项目(1630042020020)

椰心叶甲啮小蜂（Tetrastichus brontispae）是外来有害生物椰心叶甲（Brontispa longissima）的蛹期寄生蜂,分析其转录组序列中的SSR、SNP和InDel位点信息,可以为开发新的分子标记,深入研究其遗传多样性、种群遗传结构和历史动态等提供数据支撑。本研究基于转录组数据,利用MISA软件和Varscan软件对Unigene进行SSR、SNP和InDel位点进行搜索。在11 802条Unigene中共获得29 754个SSR位点,平均每1.72 kb含有1个SSR位点,发生率为39.96%。SSR片段为10~382 bp,长度具有显著差异,平均长度为23.91 bp。SSR片段中,单碱基重复最多（60.82%）,其次是二碱基重复（27.69%）,再次为三碱基重复（10.79%）。其中优势重复基元类型为A/T（59.32%）,其次为AT/AT（15.28%）。在6895个Unigene中发掘出51 334个SNP位点,转换位点37 445个（72.94%）,颠换位点13 975个（27.22%）,平均每条Unigene上含有7.45个SNP位点。还在6040个Unigene中筛选出15 644个InDel位点,平均每条Unigene上有2.59个InDel位点。椰心叶甲啮小蜂转录组中SSR、SNP和InDel位点数量多,出现频率高,类型丰富,具有较高的多态性潜能。

来源：2021年第10期

《热带作物学报》期刊编辑部

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