热带作物学报

作者：杜致辉, 杨澜, 张朝君, 许红娟, 陈之林

单位：贵州省农业科学院园艺研究所,贵州贵阳 550006

关键词：黑喉石斛,叶绿体基因组,特征,比较分析

基金：贵州省科技重大专项(黔科合重大专项[2019]3001),贵州省科技计划项目(黔科合平台人才[2018] 5768- 05),贵州省科技支撑计划项目(黔科合支撑[2020]1Y098)

本研究结合Illumina高通量测序和Nanopore测序技术,对黑喉石斛（Dendrobium ochreatum）的叶绿体基因组（cpDNA）进行测序,组装得到其cpDNA全长序列并绘制结构图谱。黑喉石斛cpDNA全长154 935 bp,注释共得到125个基因,其中有unigenes 103种,包含73种蛋白编码基因,26种tRNA基因和4种rRNA基因。特征分析结果表明：黑喉石斛cpDNA中共存在58个SSR （simple sequence repeat）位点,大部分为单核苷酸重复和二核苷酸重复类型,碱基组成以A/T碱基类型为主;其偏好的密码子共32个,其中有30个以A/U碱基结尾。以黑喉石斛与其他13种石斛的cpDNA构建系统发育进化树,结果显示,鼓槌石斛（D. chrysotoxum）和梳唇石斛（D. strongylanthum）与黑喉石斛具有较近的亲缘关系,IR/SC边界分析结果也映证了此结论。以黑喉石斛为参照,与3种近缘石斛的cpDNA进行全序列长对比,结果显示,4种石斛的序列变异主要发生在单拷贝区,基因间隔区的变异明显高于基因编码区。

来源：2021年第11期

《热带作物学报》期刊编辑部

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