热带作物学报

作者：周芸芸, 郭敏, 彭英权, 金晨钟, 张雪娇, 胡一鸿, 陈功, 龚意辉

单位：1.湖南省农田杂草防控技术与应用协同创新中心/湖南人文科技学院农作物有害生物绿色防控重点实验室，湖南娄底 417000,2.邵阳学院，湖南邵阳 422000

关键词：一年蓬,叶绿体,基因组,结构特征,系统发育

基金：湖南省科技创新计划项目(2019NK4170),湖南省教育厅科学研究重点项目(20A281),湖南省教育厅重点项目(21A0480)

一年蓬（Erigeron annuus）作为一种入侵植物，对我国农林业发展、本地物种多样性及生态系统具有严重的影响。本研究利用 Illumina NovaSeq 6000测定一年蓬的DNA序列，采用 SPAdes v3.10.1软件组装一年蓬叶绿体基因组，以小蓬草（Erigeron canadensis, MT806101.1）叶绿体基因组为参考，对一年蓬叶绿体基因组结构、特征、SSR位点、IR边界以及进化树进行分析，结果表明：一年蓬叶绿体基因组全长为153 283 bp，AT、GC含量分别为62.95%、37.05%。包括大单拷贝区（LSC）84 833 bp，小单拷贝区（SSC）18 412 bp，反向重复区（IRa和IRb）25 019 bp，一年蓬叶绿体基因组共编码到132个基因，包括蛋白编码基因88个，转运RNA基因36个，核糖体RNA基因8个。按照功能分类将它们分成四大类：光合作用相关基因共45个、自我复制相关基因共73个、其他基因共6个、未知功能基因共8个。在一年蓬叶绿体基因组中共查找200个符合条件的SSR位点，分布在LSC、SSC、IR区域的SSR数量分别为126、40、34个，分别占总SSR位点数比重为63%、20%、17%，以单核苷酸重复占绝对优势，主要是A/T碱基，其次是三核苷酸重复单元类型，主要是TTA、TAA和TAT。进化树分析表明，一年蓬与小篷草亲缘关系最近。本研究揭示了一年蓬叶绿体基因组信息，并确定了一年蓬系统发育所属分支，为进一步开展一年蓬种群遗传学、系统发育地理学、适应性机制及防控与利用等研究提供分子理论支撑。

来源：2023年第4期

《热带作物学报》期刊编辑部

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