热带作物学报

作者：普天磊, 韩学琴, 罗会英, 邓红山, 邹枚伶, 金杰, 夏志强, 王文泉

单位：1.云南省农业科学院热区生态农业研究所/元谋干热河谷植物园，云南元谋 651300,2.海南大学，海南海口 570228

关键词：辣木,SNP,杂合度,群体结构,遗传多样性

基金：国家现代农业产业技术体系项目(CARS-11-YNJJ),云南省重大科技专项“生物资源数字化开发应用”项目(202002AA100007),海南大学科研启动基金项目(KYQD(ZR)-20101)

基于SNP标记对辣木亲本及其子代群体的杂合度、遗传结构及遗传多样性进行分析，研究其遗传变异特征。利用AFSM技术对96份辣木材料进行简化基因组测序，将获得的测序过滤数据比对至参考基因组，使用VCFtools和BCFtools软件检测并统计SNP和Indel位点信息。利用AWK语言分析杂合位点，并比对出子代与亲本的差异位点，以分析辣木的繁育类型。利用Plink软件对变异位点进行过滤，保留高质量的变异位点，再通过ADMIXTURE软件进行群体结构分析，根据交叉验证错误率确定最佳K值，同时采用GCTA软件进行主成分分析，构建系统进化树，解析辣木材料的群体结构。采用VCFtools计算遗传多样性指数及群体分化指数，分析该群体的遗传多样性。通过LDBlockShow软件进行连锁不平衡分析，得出位点间的连锁不平衡程度。结果显示，共检测出1 187 831个SNP位点，150 861个Indel位点。将辣木子代基因与亲本比对后，发现辣木子代杂合的基因中，约有4.89%的基因为自身杂合基因，19.96%为外来遗传物质导致杂合的基因，基本表明辣木可通过自花和异花2种授粉方式繁衍后代。群体结构和主成分分析将辣木样品划分为3个亚群，与聚类分析的结果大概一致，即各亚群大致能聚在一起，且样品间有一定的交叉。辣木不同群体间的遗传分化指数（0.0049~0.0110）和遗传多样性指数（0.001）低，表明群体遗传分化弱，遗传多样性水平低。对检测到的136个scaffold的SNP进行统计并进行连锁不平衡分析后发现，scaffold 1的SNP数目最多，为62 225个，且其6 748 044~6 748 185位点之间具有强连锁不平衡关系。本研究通过对辣木及其子代的遗传分析，为辣木的杂交选育提供遗传学依据。

来源：2023年第9期

《热带作物学报》期刊编辑部

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