热带作物学报

作者：赖宝春, 戴瑞卿, 曾天宝, 陈淑妹, 姚锦爱

单位：1.福建省漳州市农业科学研究所，福建漳州 363005,2.福建省作物有害生物监测与治理重点实验室/福建省农业科学院植物保护研究所，福建福州 350013

关键词：小串链霉菌,全因组测序,次级代谢合成基因簇,比较基因组分析

基金：福建省科技计划项目(2020N0057),福建省农业科学院科技创新团队建设项目(STTT2021-2-2),福建省人民政府中国农业科学院农业高质量发展超越“5511”协同创新工程(XTCXGC2021011)

小串链霉菌（Streptomyces catenulae）XG40是一株对蜜柚黑斑病等真菌病害具有较好拮抗作用的生防放线菌。本研究通过第三代PacBio全基因组测序平台，对小串链霉菌XG40进行全基因组测序和分析，共获得3个contigs，包含1个染色体DNA和2个质粒DNA，其基因组全长为9 772 324 bp，GC含量为70.58%，蛋白编码基因8074个，占整个基因组的96.41%。利用antiSMASH软件，预测到46个次级代谢产物合成基因簇，其中包含聚酮合成酶（PKS）和非核糖体肽合成酶（NRPS）的基因簇共有24个，占总基因簇数量的52.17%。有7个基因簇与已知基因簇（desferrioxamin B、pristinol、Neoantimyci、2-methylisoborneol、nigericin、ectoine、geosmin）的相似性为100%，4个基因簇与已知基因簇（miharamycin A/B、SW-163C/E/F/G/UK-63598、gilvocarcin V、coelibactin）的相似性在80%以上，比较分析发现该菌株具备一定的合成尼日菌素和褐黄癌菌素V等抗菌物质的能力。共线性分析表明XG40与根霉链霉菌（S. rhizosphaericus）DSM 41760、马来西亚链霉菌（S. malaysiensis）DSM 14702、黑孢链霉菌（S. melanosporofaciens）DSM 40318和（S. himastatinicus）ATCC 53653四株链霉基因组之间存在插入和缺失、倒位、易位等基因组重排事件。该研究结果为深入挖掘XG40生防潜力，开发可用于农业生物防治的次级代谢产物提供理论基础。

来源：2023年第9期

《热带作物学报》期刊编辑部

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