热带作物学报

北大核心,JST,CSCD扩展版,WJCI,

国内刊号:46-1019/S

国际刊号:1000-2561

热带作物学报杂志2023年第11期:基于转录组测序的斑地锦内参基因筛选及验证

发布日期:

作者:许建丰, 桂明明, 张永康, 尧子钊, 黄胜和, 饶泽昌

单位:1.南昌大学抚州医学院,江西抚州 344000,2.江西中医药高等专科学校医学基础部,江西抚州 344000

关键词:斑地锦,内参基因,转录组测序,实时荧光定量PCR

基金:江西省教育厅科学技术研究项目(GJJ218111),江西省教育厅科学技术研究项目(GJJ213308),江西省抚州市青年科技领军人才项目(2020ED66)

斑地锦(Euphorbia maculata)是一种常用中药材,其中黄酮类化合物槲皮素是其主要药效成分之一。目前斑地锦槲皮素生物合成基因研究鲜见报道,而实时荧光定量PCR(RT-qPCR)是基因研究的常用方法之一,但具有合适的内参基因是RT-qPCR相对定量的前提条件。为了获得适合的斑地锦内参基因,本研究基于转录组测序结果,筛选出斑地锦EmSE、EmUBC、EmGDI1、EmLSM12、EmGBP、EmSYP22、EmTRI1、EmRSZ21、EmRPL7以及课题组前期得到的EmUBQ共10个基因作为侯选内参基因。通过RT-qPCR检测10个候选内参基因在斑地锦营养生长期和生殖生长期的根、茎、叶及果中的表达情况,利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件分析候选基因的表达稳定性,通过几何平均值法对不同软件所得结果进行整合并明确综合排名,即EmGDI1>EmUBQ>EmSE>EmUBC>EmLSM12=EmGBP>EmTRI1>EmSYP22> EmRSZ21=EmRPL7。以EmGDI1为内参基因,对槲皮素生物合成过程中的一个关键酶基因EmC4H进行表达分析,EmC4H在不同生长期不同组织内的表达差异与转录组测序结果趋势基本一致。本研究开发的内参基因EmGDI1可作为斑地锦不同生长期基因组织特异性表达研究中适合的内参基因。

来源:2023年第11期

《热带作物学报》期刊编辑部

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