热带作物学报

作者：车海彦, 林雅婷, 罗大全, 龙海波

单位：中国热带农业科学院环境与植物保护研究所/农业农村部热带作物有害生物综合治理重点实验室/海南省热带农业有害生物监测与控制重点实验室，海南海口 571101

关键词：南方番茄病毒,小RNA深度测序,RT-PCR检测,基因组

基金：海南省基础与应用基础研究计划（自然科学领域）高层次人才项目(2019RC284),中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(1630042019001)

病毒病是海南番茄生产中危害最严重的病害之一，在利用小RNA深度测序技术鉴定海南番茄病毒病病原时发现，南方番茄病毒（Southern tomato virus, STV）在海南省多个市（县）的样品中存在，而且发现1株STV单独侵染的样品。为了解STV在海南省的发生分布情况，利用RT-PCR技术，对2015—2021年采自海南省的987份疑似病毒侵染的番茄叶片样品进行检测，结果表明：在9个市（县）的142份样品中检测到STV，早在2015年STV就已经在海南番茄上存在，检出率从2015年（8.82%）到2021年（22.45%）呈逐年上升趋势。同时结合RACE和RT-PCR技术扩增到4个STV海南分离物的全长基因组，长度均为3446 nt，包含2个部分重叠的ORFs，ORF1（147~1280 nt）和ORF2（1048~3336 nt）分别编码p42蛋白（377 aa）和RdRp蛋白（762 aa），5′UTR和3′UTR的长度分别为146 nt和110 nt。序列一致性分析表明，4个STV海南分离物间基因组序列一致性为99.86%~100.00%，与目前GenBank公布的所有STV分离物基因组间序列一致性为98.45%~99.94%。基于全基因组序列构建的系统发育树显示，80个STV分离物被明显分为2个组（组Ⅰ和组Ⅱ），组Ⅰ包括亚洲、美洲、欧洲和非洲分离物；组Ⅱ中除1个亚洲分离物外，其他均为欧洲分离物；4个海南分离物被分在组Ⅰ，STV分离物的分组与地域呈一定的相关性，而与寄主无相关性。4个海南分离物与组Ⅰ分离物基因组序列变异度较高的区域位于881~1061 nt和1521~1721 nt，与组Ⅱ分离物基因组序列变异度较高的区域位于2041~2241 nt和2761~2921 nt。STV分离物基因组间未发现重组事件。这是在海南省首次报道发现STV。本研究结果有助于了解STV在海南省的分布、发生趋势及遗传多样性，为病害防控提供科学依据。

来源：2024年第1期

《热带作物学报》期刊编辑部

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