热带作物学报

作者：王曦奥, 廖振阳, 黄丽芳, 安娜, 胡丽松, 熊文艳, 王晓阳, WILLIAM Solano Sanchez, 闫林

单位： 中国热带农业科学院香料饮料研究所， 海南万宁 571533, 咖啡海南省工程研究中心（筹）， 海南万宁 571533, 热带香料饮料国际联合研究中心， 海南万宁 571533, 农业农村部香辛饮料作物遗传资源利用重点实验室， 海南万宁 571533, 海南省热带香辛饮料作物遗传改良与品质调控重点实验室， 海南万宁 571533, 热带作物生物育种全国重点实验室， 海南三亚 572024, 热带农业研究与高等教育中心， 哥斯达黎加图里亚尔巴 30501

关键词：中粒咖啡,遗传多样性,指纹图谱,InDel标记

基金：国家现代农业产业技术体系项目(CARS-11),农业农村部物种品种资源保护项目(热带作物)

海南是我国中粒咖啡规模化种植的起源地和优势产区，然而由于种质资源遗传背景不清，制约了良种选育与产业竞争力提升。因此，明确中粒咖啡种质资源的遗传多样性，构建核心种质资源库，将为高效育种和海南咖啡品牌建设提供遗传基础。本研究基于项目组前期获得的二代重测序数据，经过序列比对和筛选共开发44对InDel分子标记，对51份中粒咖啡种质进行遗传多样性分析、群体结构分析和聚类分析，筛选核心种质并构建指纹图谱。结果表明：37对InDel分子标记具有多态性和适用性，91.89%的标记具有高或中等多态信息含量（polymorphic information content, PIC），有效等位基因数（effective number of alleles, Ne）、Nei’s基因多样性指数（Hʹ）和Shannon’s多样性指数（I）的数值均表明该群体在所选标记上具有较高的遗传多样性。该群体的个体间遗传背景差异显著，遗传相似系数范围较广（0.2632~0.7632），遗传距离较大（0.2364~1.3350）。通过Structure分析和聚类分析，均一致地将该群体划分为2个独立的遗传类群，表明该群体内存在明显的遗传分化。在该群体中筛选出10份核心种质，在主成分分析（principal component analysis, PCA）图中呈集中分布，代表性强，遗传冗余度低。优选InDel 12、InDel 18、InDel 31和InDel 33的4个高多态性标记构建51份种质的指纹图谱，实现种质资源的精准鉴别与数字化高效管理。本研究开发了一套适用于中粒咖啡的InDel标记体系，基于多态性分析构建核心种质库与高效指纹鉴别系统，为种质资源精准管理、品种定向改良及知识产权保护提供方法与资源基础。

来源：2026年第4期

《热带作物学报》期刊编辑部

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